intel xeon phi

officeにintel MICが入ったが、研究室の同僚の陰謀により。　私の机のすぐ隣に置かれることになった。

supermicroの鯖なので非常にうるさい。　一番jobを投げている人の横に置くべきだと思う。

paraviewをコンパイルしてみた

やっぱりroot権限のあるマシンでコンパイルするのは楽でいい。

qt - 4.8.3
openmpi-1.6.2

は自分で作った。あとはaptで全部取ってくる。

Paravierw-3.8.1/VTK/utilities/vtkmetaio/vtkmetaio.cxxの804行目から814行目にばぐがある。　てゆかこれver3.12でもまだ治っていないはず。　std::がないだけなのでサクサクっと手で直してあげるとあとは問題なくコンパイルできた。

並列で可視化してみたけど、コンパイルしたマシンが10年ぐらい前のモデルなのでどちらにしろ遅い。

OpenFOAMのCFLAGSとCXXFLAGS

etc/config/setting.cshのなかを変えても反映されていない。 wmakeを直接書き換えなきゃダメだね。　カキカキしてるとGCCARM7なんてゆうのもあるのに気づいた。　hardwareに依存するところなんてあったけ？
　

科学計算のためのc++テンプレートプログラミング

行列式の足し算などを行うとき、次のようなコードをかくと早いらしい。
処理によってはfortran, blasとかMKLより速いと公式のページにある。

ここのスライドを参考につくってみた。

 http://www.google.co.jp/url?sa=t&rct=j&q=advanced%20template%20programming%20&source=web&cd=1&ved=0CDUQFjAA&url=http%3A%2F%2Fitee.uq.edu.au%2F~conrad%2Fmisc%2Fsanderson_templates_lecture_uqcomp7305.pdf&ei=Xx4rUarGLvHsmAXbaw&usg=AFQjCNFiGSmasUA2pfRuHGdVExcyw5tUaA&bvm=bv.42768644,d.dGY&cad=rja

なぜ早いかというと足し算のあとに一時的な行列の実態が作られないからだそうだ。　バイナリーになおすとoperator+( , )から呼び出されているはずのGlueのコンストラクタがないらしい。

 こんな感じのmeta programmingした数学ライブラリーがarmadilloとして配布されている

#include<iostream>

class Glue;

class Matrix{
public:
    Matrix();
    Matrix( int in_rows, int in_cols );
    void set_size( int in_rows, int in_cols );
    void clear();
    void printm();

    Matrix( const Matrix & X );
    const Matrix & operator=( const Matrix & X );

    Matrix( const Glue & X );
    const Matrix & operator=( const Glue & X );

    int rows;
    int cols;
    double *data;
};

class Glue{
public:
    const Matrix& A;
    const Matrix& B;
    Glue( const Matrix& in_A, const Matrix & in_B )
    : A( in_A )
    , B( in_B ){}
};

/*--------------------------
    Glue
---------------------------*/

const Glue operator+( const Matrix& A, const Matrix& B ){
    return Glue(A,B);   
}

/*--------------------------
    Matrix
---------------------------*/
Matrix::Matrix(){
}

Matrix::Matrix( int in_rows, int in_cols){
    cols = in_cols;
    rows = in_rows;
    set_size( rows, cols );
}

void Matrix::set_size( int in_rows, int in_cols ){
    data = new double [ in_rows*in_cols ];   
    for( int i=0; i<in_rows*in_cols; i++ ) data[i] = i;
}

void Matrix::clear(){
    for( int i=0; i<rows*cols; i++ ) data[i] = 0.0;
}

void Matrix::printm( ){
    for( int j=0; j<rows; j++ ){
        for( int i=0; i<cols; i++ ){
            std::cout << " " << data[i+j*cols];
        }
        std::cout  << std::endl;
    }

}

const Matrix & Matrix::operator=( const Glue & X ){
    const Matrix & A = X.A;
    const Matrix & B = X.B;

    set_size( A.rows, A.cols );

    for( int i=0; i < A.rows * A.cols; i++ ){
        data[i] = A.data[i] + B.data[i];
    }
    return *this;
}

Matrix::Matrix( const Glue & X ){
    operator=(X);
}

int main(){
    Matrix m1(4,4);
    Matrix m2(4,4);
    Matrix m3(4,4);

    m3.clear();

    m3 = m1 + m2;

    //m1.printm();
    //m2.printm();
    //m3.printm();
return 0;}

mainのなかのをコメントアウトすれば結果が出てくるよ。 実際OpenFoamとかはこういう書き方になっているが、Openfoamのは一時ファイルを作るやり方で書いてある。

OpenFOAMをmetaできるか考えてみたが、privateの部分をpublicに治す必要がある。　つまりクラスを使う意味がなくなってしまうのでは？ そして、やっぱりコードの抽象度は実行速度とは反比例する とおもう。情報の人はこのように書きたいのだろうけど、流体コード屋としては非常に書きづらい。　もっと低いレベルで書いたほうがしっくりくる。

日本語の英訳 wikipedia

お笑いの’オチ’は英語でpunch lineらしい。

http://en.wikipedia.org/wiki/Punch_line

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%90%BD%E3%81%A1

なんか違うと思うんだけど、関西の人あってるの？

gcc-4.6.* gcc-4.7.* のavx命令セットを有効にするためのコンパイル

sandy世代のXeon機のクラスターがあるので折角だからavx instruction setの使えるgccを作ってみた

root持ってないマシンなので、作るのが大変だった。

gcc-4.6.3はで来たけれども, gasのバージョンが低くて-mtune,-marchにavxオプションつけると落ちた。binutils-2.23を入れたら行けました〜( ´ ▽ `）

gcc-4.7.2も挑戦したけどlimit.hがないと言われるlibcは入れるの面倒くさいのでパスする。gcc-4.7系はこれが必要になったみたい。

OpenFoam-1.6-ext

なんかコンパイル通らないんですけど、root持ってないから、いろいろコンパイルして入れたりで、三日ぐらい格闘中。

パスがおかしくね？　開発版だからか？　安定版はどこだ？

goolgeのグループ見ると結構コンパイルできなくなることがあるみたいだ。やっぱり会社が管理しているとしっかりしているんだな。